当博阿尔内和克鲁阿泽带着4000名俘虏回来报告时，拿破仑怒气冲冲地指责道：“你们要我拿这批人怎么办？我有粮食供应他们吗？还是有船装运他们去埃及或者法国？你们为什么这样给我办事呢？两位将军辩解说，总司令曾指示他们要禁止杀戮。是的，总司令以满腔热情答道：“对于妇女、孩童和老人即一切和平居民，但不包括武装士兵。你们的职责是要他们去死，而不该把这帮不幸的家伙带给我，你们要我把他们怎么办？当天，拿破仑召集各位师长讨论如何处置这批俘虏，各师长一致认为现在口粮已不足，士兵们已多有怨言，再也不能把面包发给敌人吃，否则，军队将发生哗变。拿破仑犹豫不决，翻来覆去思考了3天，最后决定将这批俘虏枪毙。第四天，4000名俘虏被押至海岸，一阵枪响，全部俘虏倒地而毙，这一惨剧令每个在场的人不寒而栗。

    攻占雅法之后，瘟疫开始在军中流行，法军损失了约8000人。但瘟疫并没能阻止拿破仑的前进。3月20日，法军包围了阿克尔城堡。阿克尔城堡位于三面环水的半岛上，是巴勒斯坦的军事要冲，也是土耳其总督杰扎尔赖以顽抗的据点。阿克尔城堡有大炮250门，其守将是一位年长而英勇的人，他率领着一支非常强大的守城队伍。另外，阿克尔城堡还得到了一个英国海军支队的支援，这个海军支队拥有2艘战舰和几艘炮艇，其指挥是英国人西德尼·史密斯。在英国海军的旗舰上还有一位暂时充作英国陆军上校的法国炮兵军官菲利波。菲利波原是拿破仑在布里埃纳军事学校的同学，因参与反革命叛乱而被囚禁在巴黎的监狱。1798年4月21日，他同一些王党分子一起帮助扣押在巴黎的英国军官西德尼·史密斯逃出监狱。3月15日，他们到达阿克尔。由于他们二人在城中协助作战，更增加了法军攻克阿克尔城堡的难度。

    这天，装载攻城火炮的法国船只到达阿克尔海边，拿破仑立即下令攻击。不巧海上大雾弥漫，看不清前面的目标，法军船只一直冲入到英国海军的怀抱中，英国海军不费吹灰之力便将船上的法军擒住了。船上的大炮也被土耳仆人拿来对付法军了。尽管没有大炮攻城，拿破仑还是包围了要塞的陆墙。3月28日，法军发动了第一次不成功的突袭。4月1日，又发动了一场突击，仍未成功。法军不仅攻城损失惨重，而且每周死于瘟疫的多达140人。在此之前，拿破仑从未遭受过失败，这次，他仍相信幸运之神不会其他而去。就在几次攻击失败以后，他还这样对秘书布里昂说：“我知道这个倒楣的地方已夺去我许多人的性命，消费了我许多时间。但是，事已至此，不能不试最后一着。如果我如愿以偿地成功，我会在城中找到总督的财宝和可供30万人的武器。我要鼓动并武装叙利