然而官员们的反映并不全如理想。他们不相信张居正请求离职丁忧的诚意，进而怀疑夺情一议是否出自皇室的主动。翰林院中负责记述本朝历史的各位编修均深感自身具有重大的责任。因为他们的职责就是要在记述中体现本朝按照圣经贤传的教导办事的精神，如果没有这种精神，朝廷就一定不能管理好天下的苍生赤子。
统治我们这个庞大帝国，专靠严刑峻法是不可能的，其秘诀在于运用伦理道德的力量使卑下者服从尊上，女人听男人的吩咐，而未受教育的愚民则以读书识字的人作为楷模。
而这一切都需要朝廷以自身的行动为天下作出表率。很多翰林来自民间，他们知道法治的力量有一定的限度，但一个人只要懂得忠孝六节，他就自然地会正直而守法。现在要是皇帝的老师不能遵守这些原则，把三年的父母一之丧看成无足轻重，这如何能使亿万小民小说诚服？
在万历并未与闻的情况下，翰林院的几十名官员请求吏部尚书张瀚和他们一起去到张居正的私邻向他当面提出劝告，想让张居正放弃伪装，离职丁优。他们还认为，即使为张居正个人的前途着想，他也应当同意大家的意见居丧对个月，以挽回官员们对他失去的信心。但是劝说不得结果。张居正告诉他们，是皇帝的圣旨命令本人留在北京，你们要强迫本人离职，莫非是为了想加害于本人？
吏部尚书张瀚，一向被认为是张居正的私人。他在张居正的破格提拔下身居要职，在任内也惟有文渊阁的指示是听。当他参加了这次私础劝告以后，他就立即被人参奏，参奏中一字不提他和元辅的这次冲突，而是假借别的小事迫使他下台。
这一参奏引起了官员们更大的愤怒，因为他们清楚地知道，朝廷的纠察官员即110名监察御史和52名给事中，都属于张居正夹袋中的人物，他们从来只纠察对张居正不利的人而不顾舆论。
官员们的愤怒使他们下定决心采取另一种方式，他们直接向万历参奏张居正。严格地说来，翰林编修上本是一种超越职权的行为，遭到反击的机会极大。但是他们熟读孔孟之书，研究历史兴亡之道，面对这种违反伦常的虚伪矫情，如果不力加净谏而听之任之，必然会影响到本朝的安危。而且，本朝历史上集体上书的成例具在，最先往往由职位较低的人用委婉的文字上奏，以后接踵而来的奏章，辞句也会越来越激烈。
皇帝因此震怒，当然会处分这些上奏的人，但其他的高级官员会感到这是公意之所在，就要请求皇帝的有免，同时又不得不对问题发表公正的意见。这样就迫使整个朝廷卷入了这场争端，即使抗议失败，鼓动舆论，发扬士气，揭发纠举的目的已经达到。哪怕有少数人由此牺牲，也可以因为坚持了正义而流芳百世。
纠举张居正的事件按照这一程序开始。最先由两名翰林以平静的语调在奏章中提出：因为父丧而带来的悲痛，使张居正的思想已不能如以前的绵密。强迫他夺请留任，既有背于人子的天性，国家大事也很难期望再能像从前那样处理得有条不紊，所以不如准许他回籍丁忧，庶几公私两便。在两名翰林之后，接着有两个刑部官员以激烈的语气上书，内称张居正贪恋禄位，不肯丁忧，置父母一之恩于个人名利之下。
如果皇上为其所惑，将带给朝廷以不良的观感，因此恳请皇上勒令他回籍，闭门思过，只有如此，才能对人心土气有所挽回。
张居正既被参奏，就按照惯例停止一切公私往来，在家静候处置。但是暗中的活动并没有停止，他的意图会及时传达到冯保和代理阁务的二辅那里。个中详情，当然没有人可以确切叙述。我们所能知道的就是严厉的朱笔御批，参张的官员一律受到严惩。他们的罪名不在于触犯首铺而在于藐视皇帝。
圣旨一下，锦衣卫把4个犯官逮到午门之外。两个翰林各受廷杖60下，并予以“削籍”，即拥夺了文官的身分而降为庶民。另外两个官员因为言辞更加益很，多打20下。打完以后再充军边省，终身不赦。掌刑人员十分了然于犯官的罪恶，打来也特别用力。十几下以后，犯官的臀部即皮开肉绽，继之而血肉狼藉。
受责者有一人昏死，嗣后的复苏，也被公认为是一个奇迹；另一人受刑痊愈之后，臀部变成了一边大一边小。刑罢以后，锦衣卫把半死半活的犯官裹以厚布，拽出宫门之外，听凭家属领回治疗。有一些官员向犯官致以慰问，被东厂的侦缉人员—一记下姓名，其中的某些人且在以后被传讯是否同谋。
皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅粥，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示做戒，如果有人胆放继续顽抗，当然要给予更严厉的处罚。
这样严肃的语气，等于为再敢以行动倒张的官员预定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到应有的效果。除了一名办、事进土名叫邹元标的又继续上疏弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后5年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加思只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪，这里暂时不表。
张居正用布袍代替锦袍，以牛角腰带代替玉带，穿着这样的丧服在文渊阁照常办事。皇帝批准了他的请求，停发他的官俸，但同时命令官中按时致送柴火油盐等日用品，光禄寺致送酒宴，以示关怀优待。倒张不遂的官员大批桂冠离职，他们推托说身体衰弱或家人有故，所以请求给假或退休。
此时北京城内还发现传单，内容是揭露张居正谋逆不轨。东厂人员追查传单的印制者没有结果，只好把它们销毁，不再呈报给皇帝，以免另生枝节。
次年，即1578年，张居正服用红袍玉带参与了皇帝的大婚典礼。礼毕后又换上市袍角带回籍葬父。他从一陽一历4月中旬离京，7月中旬返京，时间长达3个月。即使在离京期间，他仍然处理重要政务。因为凡属重要文件，皇帝还要特派飞骑传送到离京1000里的一江一陵张宅请张先生区处。
张居正这一次的旅行，排场之浩大，气势之炬赫，当然都在锦衣卫人员的耳目之中。但锦衣卫的主管者是冯保，他必然会合乎分寸地呈报于御前。直到后来，人们才知道元辅的坐轿要32个轿优扛抬，内分卧室及客室，还有小撞两名在内伺候。随从的侍卫中，引人注目的是一队鸟镜手，乃是总兵戚继光所委派，而乌铁在当日尚属时髦的火器。
张居正行经各地，不仅地方官一律郊迎，而且当地的藩王也打破传统出府迎送，和元辅张先生行宾主之礼。
队伍行抵河南新郑县，张居正见到了被废乡居的故友高拱。两人相见，恍如梦寐。张居正尽力弃嫌修好，指着自己的鬓边白发，对高拱感慨不已。高拱当时已经治病，两人见面后仅仅几个月，他就与世长辞了。张居正绝对没有预料到，他和高拱之间的嫌隙，不仅役有随着这次会面而消研，而且还在他们身后别生枝节，引出了可悲的结果。
1578年前后，年轻的皇帝对张居正的信任达到最高点。这种罕见的情谊在张居正离京以前的一次君臣谈话中表现得最为充分。张先生启奏说，他前番的被攻击，原因在于一心为朝廷办事，不顾其他，以致怨访一交一集；万历则表示他非常明白，张先生的忠忱的确义薄云天。说完以后，君臣感极而泣。张居正回籍葬父，这3个月的陵违离别，是他们一生中唯一的一次，所以更显得特别长久。
待至元辅返京，万历在欣慰之余，更增加了对张先生的倚重。这年秋天，张居正的母亲赵氏，经由大运河到达北京。不久她就被宣召进宫与两位太后相见，加思免行国礼而行家人之利，并赠给她以各项珍贵的礼品。在接受这些信任和荣一宠一之际，张居正母子不明白也不可能明白这样一个事实：皇室的情谊不同于世俗，它不具有世俗友谊的那种由于互相关怀而产生的永久性。
1578年皇帝的大婚，并不是什么震撼人心的重大事件、当时皇帝年仅14，皇后年仅12.太皇后王氏是平民的女儿，万历和她结婚，完全是依从母后慈圣的愿望。她望孙心切，而且是越早越好，越多越好。皇后一经册立，皇帝再册上其他妃嫔即为合法，她们都可以为皇帝生儿育女。
王皇后是一个不幸的女性，后来被滥为孝端皇后。她享有宫廷内的一切尊荣，但是缺乏一个普通妻子可以得到的快乐。在实际上，她只展一种制度的附件。按照传统的习惯，她有义务或者说是权利侍候皇帝的嫡母仁圣太后，譬如扶持太后下轿；皇帝另娶妃嫔，她又要率领这些女人拜告祖庙。这种种礼节，她都能按部就班地照办不误，所以被称为孝端。但是，她也留给人们以另一种记忆，即经常拷打宫女，并有很多人死于杖下。
万历并不只是对皇后没有兴趣，他对其他妃嫔也同样没有兴趣。在他生活中占有重要地位的女人还要在几年之后才与他邂逅相遇。这时，他感到空虚和烦躁。宫廷固然伟大，但是单调。即使有宫室的画栋雕梁和其他豪华装饰，紫禁城也无非是同一模式的再三再四的重复。
每至一定的节令，成百成千的宦官宫女，把身上的皮裘换成绸缎，又换成轻纱；又按照时间表把花卉从暖房中取出，或者是把落叶打扫，御沟疏通，这一切都不能改变精神世界中的空虚和寂寞。在按着固定节奏流逝的时光之中，既缺乏动人心魄的事件，也缺乏令人艳羡的奇遇。这种冷酷的气氛笼罩一切，即使贵为天子，也很难有所改变。
大婚之后，年轻的皇帝脱离了太后的日夜监视。不久，他就发觉大婚这件事，在给予他以无聊的同时，也带给了他打破这单调和空虚的绝好机会。他完全可能获得一种比较有趣的生活。事情是这样开始的。有一个名叫孙海的宦官，引导皇帝在皇城的别墅“西内”举行了一次极尽欢乐的夜宴。
这里有湖泊、石桥、宝塔，风景宜人，喇嘛寺旁所蓄养的上千只白鹤点缀其间，使得在圣贤经传的教条之中和太后的严格管教之下长大的皇帝恍如置身于蓬莱仙境。新的生活天地既经打开，万历皇帝更加厌倦紫禁城里的日月。在西内的夜游成了他生活中不可或缺的部分。他身穿紧袖衣衫，腰悬宝刀，在群阔的簇拥之下，经常带着酒意在园中横冲直间。
1580年，万历已经17岁，在一次夜宴上，他兴高采烈地传旨要两个宫女歌唱新曲。宫女自称不会，皇帝立即龙颜大怒，说她们违抗圣旨，理应斩首。结果是截去了这两名宫女的长发以象征斩首。当时还有随从人员对皇帝的行动作了劝谏，此人也被拖出来黄打一顿。全部经过有如一场闹剧。
